Eesti Evangeelsel Luterlikul Kirikul (EELK) on Eestis 164 kogudust. Kogudused on juriidiliselt iseseisvad, kuid kuuluvad kõik ühte kirikusse. Kõik kogudused on kinnisvara omanikud. Peaaegu kõigil on oma kirikuhoone ja paljudel lisaks kirikule veel mitmed ajaloolised hooned ning metsa, põllu- ja karjamaad. EELK omab koguduste varadele lisaks üldkiriklikku kinnisvara Tallinnas ja mujal Eestis.

2003. aasta suvel otsustas EELK Konsistoorium luua oma varade parema arendamise ja haldamise korraldamiseks kinnisvaraettevõtte ning kinnitas ettevõtte äriplaani. 11. novembril 2003 kinnitas EELK Konsistoorium OÜ Kiriku Varahaldus põhikirja ja 13. jaanuaril 2004 nõukogu ja juhatuse koosseisu. 11. veebruaril 2004 registreeriti OÜ Kiriku Varahaldus Tallinna Äriregistris.

Ettevõte hakkas 2004. aastal tööle ühe töötegijaga. Paari aastaga on Kiriku Varahaldus muutunud oma sihtgrupi jaoks usaldusväärseks ja kirikuspetsiifikast lähtuvaks kinnisvaraettevõtteks. Haldusobjektide seas on äri- ja administratiivhoonete kõrval ka korterelamud. Arendusprojekte juhitakse Tartu-, Harju- Rapla- ja Virumaal. Projektide seas on nii eramu- ja korterelamu arendust, kui ka kaubandus-, büroo- ja ärihoonete rajamist. Palju pannakse rõhku üüripindade tekkimisele, et tagada kogudustele ja kirikule kiire müügitulu asemel pikaajalist regulaarset tulu.